一、辦公室

負責文秘和綜合協調工作，負責制度建設和督查工作；負責人事工作；負責檔案管理工作；負責財務、資產管理工作；負責后勤保障工作；負責會務、接待和外事工作；完成館領導交辦的其他工作任務。

二、陳列展覽交流部

負責展覽計劃擬定、策展、落實工作；負責布、撤展的具體實施；負責展陳物品的制作、保管工作；負責展陳檔案管理工作；負責編撰出版與展覽相關的圖書資料；完成館領導交辦的其他工作任務。

三、宣教部

負責全館展區管理和對外接待服務工作；負責展覽的導覽與講解工作；負責大型活動和展覽相關活動的策劃和實施；負責組織與展覽內容相關的專題講座；負責“博物館之友” 及志愿者管理工作，組織相關活動和服務工作；負責媒體宣傳的策劃實施工作；負責開展觀眾調查、參觀情況研究工作；開展社會教育工作；完成館領導交辦的其他工作任務。

四、廈門市鄭成功紀念館

負責與鄭成功及南明史有關的文物的展覽、征集、保管、研究；負責展覽的導覽與講解工作；負責開展觀眾調查、參觀情況研究工作；開展社會教育工作；完成館領導交辦的其他工作任務。

五、廈門經濟特區紀念館

負責與廈門經濟特區歷史相關資料的展覽、征集、保管、研究；負責展覽的導覽與講解工作；負責開展觀眾調查、參觀情況研究工作；開展社會教育工作；完成館領導交辦的其他工作任務。

六、保衛部

負責安全保衛工作制度制訂并予以落實；負責本館社會治安綜合治理工作；負責人防、物防、技防、消防工作；負責保安隊伍的管理工作；負責全館各區域要害部位備用鑰匙的管理工作；負責文物（展品）的安全押運工作；負責安全保衛工作資料管理；完成館領導交辦的其他工作任務。

七、保管與征集部

負責館藏品庫房的管理工作；負責館藏文物的日常保養工作；負責館藏文物的檔案管理工作；負責館藏文物數字化信息庫建設工作；負責歷史文物、資料的鑒定和征集工作；負責編撰出版相關專業書籍；完成館領導交辦的其他工作任務。

八、文物保護科技部

負責文物保護和科研計劃的擬定落實；負責全市地上文物資源的調查、規劃、保護、修繕等工作；負責全市地下、水下考古調查與搶救性發掘等工作；負責全市文物保護、考古資料的收集、研究；負責建設、管理“廈門市不可移動文物保護數據庫”；開展出土、出水文物科技保護、修復等工作；開展考古、博物館等課題研究、學術交流與學術出版等工作；承擔陳化成祠、陳化成墓和陳勝元故居開放點的日常管理和維護；完成館領導交辦的其他工作任務。

九、信息和數字化部

負責數字化博物館規劃與建設；負責全市可移動文物數據庫的建設、管理、維護；負責文博信息系統的建設、管理、維護工作；負責國內外文博相關信息的收集整理工作；負責計算機、內部局域網及數字化配套設施、設備的安裝、調試和日常維護工作；負責開展觀眾參觀情況數據統計分析工作；完成館領導交辦的其他工作任務。

十、文化創意部

負責擬定、實施文創產品的研發計劃并落實；負責文創人員、場地、物資等的管理工作；負責文創經費的編制、收支管理工作；負責文創活動的市場運營；完成館領導交辦的其他工作任務。